Às vésperas de deixar o cargo, o procurador-geral da República, Roberto Gurgel, encaminhou ao Supremo Tribunal Federal (STF) o pedido de arquivamento do inquérito aberto em 2010 contra o deputado Eduardo Cunha (PMDB-RJ). A investigação foi aberta com base em investigação da Polícia Civil do Rio de Janeiro para apurar se o deputado teria se valido do cargo para beneficiar empresários do grupo que controla a Refinaria de Manguinhos envolvidos em suposto esquema de fraudes.

Em petição encaminhada ao Supremo, Gurgel e a subprocuradora-geral da República Cláudia Sampaio afirmam não haver indícios da prática de crime pelo deputado. Havia suspeitas de que Cunha teria patrocinado interesses do grupo junto à administração pública em troca da obtenção de vantagens.

Gurgel e Cláudia Sampaio avaliaram não haver indício de que Cunha tenha atuado para influir em ato praticado por funcionário público. A Braskem, onde teria havido a atuação do grupo, é uma sociedade anônima e não órgão da administração pública, argumentou o Ministério Público.

Por causa disso, por não envolver a administração pública, também não haveria indício de tráfico de influência. Além desse ponto, avaliaram os procuradores que não foram encontrados indícios de que Cunha tenha pedido vantagem da empresa. "Não há indícios, mínimos que sejam, de que o parlamentar solicitou, exigiu, cobrou ou obteve, para si ou para outrem, vantagem ou promessa de vantagem em razão do seu ato", afirmaram Gurgel e Cláudia Sampaio na petição.

Não existindo indícios da prática de crime por Eduardo Cunha, o Ministério Público pediu ao STF que remeta o caso para a primeira instância, onde serão investigados indícios contra outras pessoas.